题主好，
1.两者不矛盾。实际上两端与剪力墙平面内相连的都可以称为名义上的连梁。然后依照跨高比的不同，连梁有各自的受力特点。跨高比不小于5受力特点更接近于框架。对6.1.9的理解是跨高比大于6依旧按可按KL设计。其实6.1。9的想要说明的是墙太长时，刚度过大，造成延性不好，地震作用时裂缝过大，用跨高比大（线刚度小）的梁把剪力墙分段开来，以提高延性。这里顺便说明下，连梁的跨高比是决定连梁两侧墙体整体刚度的一个重要因素。跨高比大，两侧墙体的整体作用就小，这时两墙体称为联肢墙甚至是壁式框架。当跨高比小，两个墙体整体作用大，这时两墙体可以看做一个小开口的大墙体。当然这个还与洞口的位置有一定关系。
2.依照我的经验，假如是跨高比小于5的连梁，可以按墙体开洞也可以按框架梁输入然后再设置为连梁，不过要关注的是按框架梁输入后，记得让连梁变成不调幅梁。连梁不宜调幅，由于地震作用下尽可能让连梁强剪弱弯。连梁原本的抗弯承载力就比较大，加上调幅一定程度增大了底筋，造成梁端的正弯矩区承载力过大。业界有这么一个说法，连梁宁可少配筋，也不要多配。对于跨高比大于5的连梁，按框架梁输入更好点。由于假如按墙体开洞，梁属性就固定是连梁了，会造成配筋率以及刚度并不符合实际。期望回答能让您满意

短肢剪力墙抗震等级可以自动提高，
（1）短肢剪力墙是指截面厚度不大于300mm，各墙肢截面高度与厚度之比为4～8的剪力墙。
（2）当截面高度与厚度之比大于4且不大于8的墙肢两端均与较强的连梁（连梁净跨与连梁截面高度之比Ln/hb≤2.5,且连梁高度hb≥400mm)相连时，可以不作为“短肢剪力墙”，应属于延性和抗震性能较好的联肢墙范畴。
（3）对于L、T、十字形剪力墙，两个方向的墙肢高度与厚度之比最大值满足4＜墙肢长/墙厚≤8时，才为短肢剪力墙。