1.清洗菩提子串珠的工具很简单，只需要几块干净柔软的毛巾、一两把尺寸大小不同的小刷子、数根粗细不同的钢针、一个小洗手盆和一壶热水就可以了。
2.清理之前，先要对菩提子串珠进行一个大致地打量，想一想到底要做哪些清洁工作，把步骤想好，有一个大体的构思，免得到时候手忙脚乱不知道如何安排。忙乱不仅会影响清洁效果，并且一旦不慎还有可能会损伤菩提子串珠，这就得不偿失了。
3.清洁时，通常都是首先从珠体表面下手，但千万不能直接将菩提子串珠放置水中，这会使得串珠褪色、开裂而且也会严重影响后面盘玩的效果。建议在洗手盆里倒满温水，然后将事前准备好的毛巾置入水中，浸湿后再全部取出拧干，千万不要带水汽，之后再使用毛巾的温度和表面的摩擦力来清理菩提子串珠表面的污垢。串珠被毛巾擦拭后，还可以用干纸巾再进行一次擦拭，这样就更加保险一些。
4.有时，串珠污染比较重，单纯用毛巾干擦已经解决不了问题了，这时候就可以用事先准备好的小刷子，家里假如有橄榄油或者婴儿油就可以拿来做涂抹的清洁剂，有条件的朋友还可以选取甘油或是硅油这样更专业的试剂，当然效果差别也并不太大，不过白醋和酒精是绝对不可以拿来用的。在擦拭的时候，先用小刷子蘸取少量的精油，然后再以同向顺序在串珠表面擦拭，手指轻轻拨动串珠，保证串珠表面全部都能打扫干净。