答：题主好，据个人了解，主要不同之处在于
（1）额度
（2）贷款利率
（3）流程；
（1）额度商业贷款：第一套房首付需要至少3成，第二套房需要首付至少6成，第三套房停贷。（要求收入证明开到每月还款额的两倍）公积金贷款：第一套房首付需要3成（北京的情况是90平米以下的普通住宅可以2成），第二套房需要首付至少6成（每个省份都有公积金贷款额度的限制。），第三套房停贷。（主要指的是住宅，商住不分一套二套，一律首付至少五成）。
（2）贷款利率现在商业贷款的基准利率是：6.55，商业贷款分为等额本金和等额本息两种还款方式，简单来说，等额本息就是每月还款数额是一样的，等额本金就是每个月约还越少，但最开始压力很大。公积金贷款的基准利率是：4.5
（3）贷款流程商业贷款的流程是：双方签订买卖合同-评估-银行面签-批贷-过户-抵押登记-放款公积金贷款的流程是：双方签订买卖合同-评估-公积金管理中心初审-面签-过户-放款-抵押登记办理

当然，不属实属于骗贷，要马上清偿贷款。公积金贷款的审核流程是很严格的，个人贷款资信证明，包括流水、个人信用报告和个人资料信息等都需要属实，否则会被银行认为是骗贷，从而拒绝批贷。

北京首套房公积金贷款首付是二成，贷款利率是3.25%，不过最高可贷120万；商业贷款首付是三成，贷款利率是4.90%。