房地产开发企业在进行土地增值税清算之前，应当按照合理的方法估算每期应当计入营业税金及附加的土地增值税，按照权责发生制予以计提，但在计算当期的企业所得税时应当将只计提未实缴的土地增值税予以纳税调减。如此，极易发生如下情况，即房地产销售前期每期都是税务盈利，缴纳了当期的企业所得税，但在进行土地增值税清算当年形成税务亏损，有时甚至是巨额税务亏损。这种情况主要是由于会计与税务对土地增值税的处理原则不同造成的，会计讲权责发生制，但税务上对土地增值税的处理原则是收付实现制。

一是纳税人应该进行清算的条件：（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（三）直接转让土地使用权的。二是主管税务机关可以要求纳税人进行清算的条件：（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；（三）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；（四）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。房地产开发企业经营增值收益部分涉及的税种主要是土地增值税和企业所得税。为了加强管理，国家税务总局分别制定了《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）和《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）。 　　房地产开发企业的土地增值税与企业所得税虽然都是按所得额（增值额）计算征税，也都要汇算或清算，但是在汇（清）算时间上，却存在着明显的差异。 　　企业所得税是以一个会计年度为周期进行汇算清缴，时间是固定的。不论房地产开发项目是否完工，都要按期预缴，年终汇算清缴，多退少补。 　　土地增值税却是以房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，开发项目中，同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。清算期间具有不确定性，可以长于一个会计年度，也可以短于一个会计年度。清算之前按期预缴，达到清算时限条件时，则必须按规定进行清算，多退少补。