所谓“螺蛳壳里做道场，该将就时就不得不将就”题主既然需要三间卧房，那么想办法实现就是改造的第一要义。看了你的改造图，基本思路可以。提几个点作为建议。
1、空中花园改卧室。主要就是要提前和楼上住户接洽一下，看看他们的防水做得如何。那个小阳台是一定要保留的，而且小阳台和卧室间尽力做好封闭，因为你的厨房是靠冲着小阳台的窗户进行采光和通风的。
2、主卧室开门的思路可以接受。虽然正常主卧不会这样开门，但为了保证客厅有足够墙面，这么因地制宜来改造，也是完全可以接受的。
3、主卫和公卫的空间位置搞反了！公卫作为一家人在白天共同使用，你这样改造显得太深了，进出不便。简单的做了个示意图，如下：红色条块是各个空间的开门位置（懒得以专业方式标注了，意会即可^_^）红色条块是各个空间的开门位置（懒得以专业方式标注了，意会即可^_^）主卧开门调整后，利用主卧墙面和公卫的墙面，基本上就能满足餐厅和客厅的区域（蓝色线框内）浅绿色的主卫，建议安置马桶和小盥洗盆即可，尽力不要在主卫考虑淋浴，放在公卫，以减小面积。注：卫生间的改造是最大难度，必须跟装修公司一起研究好。空中花园改造的房间，具体能向着原餐厅处伸出来多少，就看你的厨房门怎么安排了。这个房间的尺度也就勉强放个床加小衣柜，做书房或是短期的老人房都行。至于保留的小阳台，洗衣尚可，晾晒就算了。毕竟油烟是要从这里出的。不建议厨房做开敞式，毕竟房子小，又经过改造，油烟污染不好避免。原来的次卧门是保留在原位置还是伸出来贴近新的公卫门，也看你对原次卧的具体安排情况。最后的提醒：限于窘迫现状和需求的矛盾而改造房子，切记理顺自己最重要的目的和承受底限之间的关系，然后再下手。OK，就到这里。希望于君有所益。谢邀。收工。走人。

二手房重新装修时，一定要特别注意卧室风水，如果是主卧的话一定要避免，主卧卫生间门正对着卧室的床。对健康有影响。最好是在卫生间门上挂个帘子冲煞。