在实务工作中，土地出让金往往不是一次性支付，土地使用权证也未必在土地出让金支付后立即取得，这就引出了该土地出让金如何核算的问题，可以下三种情况分别作出处理：
1.土地出让金未支付完毕，土地使用权证已经取得。这时，实际上土地使用年限已经确定，尚未支付的土地出让金可以理解为欠付款，因此，可按土地使用权总价金额借记“无形资产”科目，总价与已支付的土地出让金之间的差额部分贷记“其他应付款”科目。同时，土地成本按土地使用证上的使用期限作分期摊销。
2.土地出让金已支付完毕，土地使用权证尚未取得。因土地出让金已全部结清，所以列无形资产后，不会再变动（除了摊销），问题是权证未取得，土地面积有时可能会与土地使用权证有出入。资产是指由过去交易或事项形成、为企业拥有或者控制并能给企业带来经济利益的资源。既然已列作无形资产，应当按一定的方法（一般是直线法）予以摊销。摊销年限可以按土地出让合同上规定的年限确定。届时，土地面积按照实际进行调整。
3.土地出让金未支付完毕，土地使用权证尚未取得。对此，存在两种观点：一种观点认为，既然权证未取得，土地使用年限不能确定，款项亦未支付完毕，作挂账处理较妥；第二种观点认为，虽然权证未取得，但土地使用权已享用，比照在建工程已完工交付使用，但尚未办理竣工决算手续的会计处理，应当暂估入账，并按暂估入账数及暂估的使用年限开始摊销，待权证取得后，再在土地使用权的剩余年限内作调整。这样处理，比较符合会计的真实性原则和稳健性原则。此外，受让土地的折扣（优惠）的会计处理，也是值得讨论的问题。有的企业在公司制改组过程中，地方政府为了支持企业公司制改组（有的主要是为了公司上市），在企业受让土地时给予一定比例的折扣（优惠）。对这部分折扣如何处理，目前有两种意见：一是将它视作土地管理部门（包括土地储备中心）给予企业的一种捐赠，列作资本公积。作此会计处理的前提就是在土地出让合同中明确该等土地的单价、折扣、净值等数额，并承诺该等折扣归企业所有，土地管理部门不再享有，以土地原值借记“无形资产/土地使用权”科目，并以实际付款数额，贷记“银行存款”科目，以两者差额（折扣）贷记“资本公积/接受捐赠非现金资产准备”科目。二是将它视作一般交易中的销售折让。土地使用权按实际支付金额入账，不产生资本公积。作此会计处理的前提是在土地出让合同中并没有明确土地原值、折扣、净值等数字和土地管理部门的书面承诺，只列了折扣后的数额。