按商业用地的市场价格与工业用地的差价补交出让金，同时还要考量政策因素、规划因素等诸多条件，原则上由政府收回再公开处置。

厦门土地出让金收取标准：
（一）原划拨土地使用权使用者经县人民政府批准准予转让，出让金征收标准有这些：
1、按照原批准用途办理出让手续，非经营性用地的土地使用权出让金不得低于备案评估地价的35%；商品住宅和综合经营性用地的土地使用权出让金，不得低于备案评估地价的40%；商业、旅游、娱乐用地的土地使用权出让金，不得低于备案评估地价的45%；工业用地的土地使用权出让金，不得低于备案评估地价的25%。
2、原批准用途为非经营性用地改变为经营性用地的，应当采取招标拍卖挂牌方式在土地交易中心公开出让，并按现时经营性用地的市场价格（备案评估地价，下同）减去原用途的现时划拨土地使用权，市场价格全额缴纳土地使用权出让金。
3、房改房、经济适用房上市交易，按国家和省的规定缴纳土地使用权出让金，且不得低于备案评估地价的10%。
4、出让年限按国家规定最高可出让年期办理，即：住宅（含商品住宅）70年；商业、旅游、娱乐用40年；工业、综合用地等其他用地50年。
（二）新增建设用地办理出让手续，出让金征收标准有这些：
1、非经营性用地协议出让土地使用权的，熟地不得低于备案评估地价的70%；毛地不得低于备案评估地价的50%。
2、经营性用地应该采取招标拍卖挂牌方式在土地交易中心公开出让，并按成交价缴纳出让金。缴交标准为：熟地不得低于成交价的70%；毛地不得低于成交价的50%。
（三）土地使用者经取得规划部门和出让方同意，改变出让合同约定的土地用途的，应该重新签订出让合同或签订出让合同变更协议，并按下列标准调整土地使用权出让金：
1、原批准用途为非经营性用地改变为经营性用地的，应采取招标拍卖挂牌方式在土地交易中心公开进行，并按现时经营性用地的市场价格，减去原用途的现时非经营性用地市场价格的差额相应调整，改变为商业、旅游、娱乐用地的，不得低于差额的45%；改变为商品住宅和综合经营性用地的，不得低于差额的40%。
2、原批准用途为非经营性用地的，按改变用途前后的现时备案评估地价的差额相应调整，并不得低于差额的35%。
3、原批准用途为经营性用地的，按改变用途前后的现时备案评估地价的差额相应调整。
4、改变用途后出让年限按新用途最高可出让年期核算，出让时间起点为第一次签订出让合同之日。
（四）土地使用者改变出让合同约定的出让年限、容积率等土地使用条件但不改变土地用途的，应该经原批准机关同意，并签订土地使用权出让合同变更协议，补交土地使用权出让金。但工业用地不补交出让金。

(一)已购公有住房和经济适用住房上市出售补交土地出让金的标准。依照国土资源部《关于已购公有住房和经济租用房上市出售中有关土地问题的通知》(国土资用发[1999]31号)规定，已购公有住房和经济适用住房上市出售补交土地出让金的计算公式为：土地出让金=住宅区片基准地价×10%×住宅用地容积率修正系数×住宅用地交易年期修正系数×上市房屋分摊土地面积。
(二)国有企业改制中原划拨土地转让时补交土地出让金的标准。依照原浙江省土地管理局等四部门《关于进一步加强土地资产管理，支持国有企业改革和发展的通知》(浙土[2000]3号)规定，国有企业改制中原划拨土地使用权采取出让方式处置的，土地出让金按土地评估确认价的20%收取。
(三)除上述
(一)、
(二)条款外的划拨土地转让时补交土地出让金的标准。土地出让金的收取标准按照原国家土地管理局1992年3月8日发布的《划拨土地使用权管理暂行办法》中有关规定执行。土地出让金按标定地价的40%收取。出让金的计算公式分别为：
1、商服用地土地出让金=商业路线段基准地价×40%×容积率修正系数×临街深度修正系数×商服用地交易年期修正系数×行业修正系数×使用土地面积
2、工矿仓储用地土地出让金=工业区片基准地价×40%×工业用地交易年期修正系数×使用土地面积
3、住宅用地土地出让金=住宅区片基准地价×40%×住宅用地容积率修正系数×住宅用地交易年期修正系数×使用土地面积
4、其他用地土地出让金=标定地价×40%×使用土地面积