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苏格兰折耳猫本身就是一种突变品种，其基因中存在许多不稳定性，在某些国家更是明文规定折耳猫不可以跟折耳猫进行育种，由于会有太多可怕的先天缺陷及畸形发生，最常见的就是内生软骨瘤病，特征包括短尾、掌骨、跖骨与趾骨过短、骨头融合、外生骨赘，在1岁时就可能出现严重的跛行症状。很多小猫的传染病是经由母猫传染的，假如母猫存在着某些传染病或者带原，所生下的小猫几乎无一幸免，站在优生学的立场，这样的母猫在未治愈之前，是不适合育种的。小猫因上呼吸道感染，造成眼、鼻脓的形成皮霉菌病、耳疥虫、疥癣母猫若已感染这些疾病，生下来的小猫会经由接触而被传染，若要防止新生小猫被传染，就应该在出生后立即与母猫隔离，完全由人工抚育。
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