《钢之鍊金术师FA》第2话爱德与艾尔为了让温柔的妈妈复活，挑战被视为最大禁忌的「人体鍊成」。不过他们将要面对的是要付出极大的代价。某一天，有一位军人在已陷入绝望深渊的艾力克兄弟而前出现。他向兄弟们提示指他们可以踏上国家鍊金术师之路。为了取回失去的东西，他们展开了漫长的路途！第3话爱德与艾尔听到懂得使用「奇迹之术」的教主的传闻，於是来到称为利奥尔的城市。原来那个雷特教教主．哥尼罗，正在进行违反等价交换的鍊金术。为了查明真相，爱德和艾尔在偶然认识的少女．罗莎的引路下，终於来到哥尼罗的身处的地方，但他们竟然被教团员用枪指吓，到底雷特教背后的真面目是甚麼？第4话莱向爱德和艾尔介绍了一名「缀命之鍊金术师」修．塔加。塔加在两年前成功鍊成了懂人话的合成兽，成为生体鍊成的权威。爱德等人在塔加的住宅寻找资料的期间，与他的女儿妮娜变得很友好。另一方面，每年进行一次的国家鍊金术师的「审查」日子快将来临，塔加为此显得很焦躁。第5集轰动亚美斯特利斯全大陆，只杀害国家鍊金术师的神秘人物「伤疤人(斯卡)」，神出鬼没地在东城出现。爱德和艾尔在城里偶然遇上这位斯卡。由於他们在毫无先兆之下受到斯卡的袭击，唯有应战，但面对著超凡的身体窍门和不可思议的「破坏的右手」，被压倒的爱德和艾尔生命危在旦夕…第6集为了修理好机械铠，爱德和艾尔与阿姆士唐一起前往故乡利正布尔。在中途休息的车站里，阿姆士唐偶然看见一名男子。这男子的名字叫马尔哥医生。他曾在军队研究所里进行把鍊金术应用在医疗上的研究，伊修巴尔内乱后，他突然消声匿迹。爱德等人到马尔哥的家探访，他们在那里了解了一个惊人的真相，原来在军队的命令下，马尔哥曾经进行关於「贤者之石」的研究。第7集爱德和艾尔为了寻找马尔哥的研究资料而来到国立中央图书馆第一分馆。但他们看见的是完全烧毁的分馆遗迹。为了确认马厌哥的资料是否真的在分馆里，爱德等人在玛利亚．罗斯少尉的安排下，前往精通分馆资料的少女．谢西嘉的地方。可是他们确认的是资料在分馆被烧光的事实。虽然爱德等人很沮丧，但谢西嘉看见他们的样子，於是提出一个意想不到的奇策。第8集爱德为了探索贤者之石的真相，於是潜入前第五研究所，他在那里的地板上发现为鍊成贤者之石而画上的鍊成阵。那时候，他被穿上铠甲，名叫48号的男人袭击。另一方面，在研究所外面等候爱德的艾尔也受到名叫66号的穿铠甲男人袭击。在连番激战之后，居然发现意想不到的真相。原来48号和66号也和艾尔一样，是只有灵魂被固定在铠甲里的人。第9集爱德在第五研究所的战斗中，不单止令机械铠受到破损，并且他还受了重伤。於是他马上召云尼由利正布尔到来替他修理机械铠。那时候，艾尔正为巴利的一句话令心情很混乱。「我是个灵魂和记忆，一切都是哥哥制造的虚假的人？」这句话一直在脑海中未能消除，并且还渐渐广大，令从未崩溃过的兄弟之情出现裂痕…。第10集爱德与艾尔在病房和修兹及阿姆士唐等人谈论第五研究所的事。人柱、贤者之石的鍊成阵，以及拥有锁定灵魂的血印的人…不过，这些都是令谜团变得更深奥的东西。后来大总统肯格．布拉多莱突然出现。他向爱德等人表示，军队内部有连大总统本人也掌握不到的不安情况，并忠告所有人在了解事态之前不要轻举妄动。不过这忠告后不久，原来敌人已经向意想不到的人伸出魔掌…。第11集由於云尼提出请求，於是她便和爱德与艾尔一起前往机械铠技师的圣地「拉修山谷」，但他们到达不久，作为国家鍊金术师的证明的银怀表竟然被叫为帕妮娜的少女偷了。不过爱德等人藉著这次事件，遇上了替帕妮娜的双脚装上机械铠的技师多米尼克，后来更与多米尼克的家人有意想不到的接触。由於多米尼克是个出色的机械铠技师，云尼提出期望成为他的徒弟。就在这个时候，正在怀孕的多米尼克的儿子的妻子．莎特拉却突然要早产。第12集爱德与艾尔到达了达布里斯之后，成功地与很久不见的师父．泉重逢。他们重逢不久，爱德便从泉的口中知道父亲．贺恩汉的消息。当晚爱德回忆起初次遇上泉的事。虽然母亲死后不久，他便为了磨练鍊金术的窍门而强行提出当泉的徒弟，但他们两将要面对的是在无人岛居住一个月的求生生活。泉对他们说「要找出”一即是全，全即是一”的答案」。到底他们两的修行结果如何？第13集莱马斯丹终於被调派到中央。另一方面，被人造人的攻击而受了重伤的斯卡也去到中央再开始行动。这时候，艾尔为了回复真理之门的记忆而留在泉的身边，但居然有一班人声称「我知道你的秘密」而前来与他接触。原来这班人全部也是合成兽……第14集由於泉的介入，令爱德与格利特的战斗出现转机。但就在此时，肯格．布拉多莱率领国家军队闯入，开始歼灭格利特一派等人。虽然格利特企图抱著艾尔逃走，但布拉多莱居然亲自站在他面前阻挡去路，并且向身为人造人的格利特发动猛烈的攻击。后来在战斗中途，格利特从布拉多莱的眼中找到难以置信的东西。第15集一名神秘的少女．张梅在正前往中央的斯卡和尤基面前出现。懂得使用名为「鍊丹术」这不可思议之术的她，自称是由东方的大国新国而来，她是为了学成长生不老之法而来到亚美斯特利斯。另一方面，爱德和艾尔为了修理机械铠而前往拉修山谷，他们在那里认识了一度倒在地上，名为姚林的少年。原来他也是新国的人，他的目的是要得到贤者之石。姚林向爱德问及关於石的事，但爱德向他说谎，说自己甚麼也不知道，但后来两名隐藏在姚林背后的人拿出刀他们袭击。第16集透过与巴利接触，莱马斯丹开始掌握到修兹被杀害的真相。他的动向不久就被人造人了解了。这时候，云尼为了与修兹见面，於是与爱德和艾尔一起来到中央，他们在军部里遇上玛利亚．罗斯少尉时了解了令人震惊的事实。不过全不知情的云尼却先一步前往修兹宅……第17集罗斯涉嫌是杀害修兹的犯人而被拘留。在她一直处於不利问题的期间，巴利居然袭击拘留所，并带著刚巧在那里的姚林和罗斯一起逃亡。在军方发出可以射杀的捕获命令之下，爱德和艾尔为打探事件的真相而前往中央司令部。不过在他们采取行动之前，莱马斯丹已先一步阻挡罗斯的去路，并向她发放了火焰的闪光。第18集渺小的人类的傲慢手掌在莱马斯丹的命令下，艾尔留在中央市，而爱德则和阿姆士唐前往利正布尔。他们到达后马上便向秘密的传说王都．克塞尔克塞斯遗迹进发。他们越过大砂漠到达遗迹后，居然与付爷爷重逢，爱德等人在他的引路下前往遗迹的深处，后来他们在那里遇上了意想不到的人。第19集不可能死的人之死莱马斯丹安排的对人造人的战略进入最后阶段。莱马斯丹等人追著寻找自己的肉体的巴利，后来与夏卜和艾尔等人一起潜入第三研究所的地下。他们兵分两路，夏卜与莱马斯丹遇上前来收拾他们的赖斯黛。人造人的真正身分和秘密首次被揭露。在处於下锋的情况下，莱马斯丹发动了反败为胜的大爆炸，把赖斯黛炸成粉碎。不过贤者之石的力量相当强劲，不过赖斯黛在一瞬间的空隙下复活，并用矛贯穿了夏卜和莱马斯丹的身体。第20集墓前的父亲爱德与艾尔的父亲贺恩汉相隔很久后回到利正布尔。可是，爱德面对著令母亲杜丽莎吃了不少苦头的他，无法隐藏憎恨的情绪。贺恩汉知道爱德他们进行过人体鍊成之后提出一个疑问，那就是「那个东西真的是杜丽莎吗？」。第二天，贺恩汉离开村庄之后，爱德与皮纳高一起前往以前的居所的遗迹，目的是掘出自己藉著人体鍊成而制造出来的母亲的遗体。第21集愚者的前进爱德与艾尔去探望由于赖斯黛的事而留院的马斯丹和夏卜。他们了解了在推测是人造人的大本营中，有部分范围是包大总统官邸在内。大家都为与自己的对手是巨大的人物而感到震惊。不久，在艾力克兄弟寻找人造人的秘密途中，他们收到斯卡在中央市出现的消息。第22集遥远的背影兰芳被布拉多莱斩伤。虽然姚林马上来拯救，但他也被布拉多莱和桂杜尼赶入绝境。另一方面，云尼与格蕾沙一起去拜祭修兹，她在回程时知道爱德和艾尔正与斯卡战斗，於是马上赶去现场，但她在那里偶然听到一个真相，原来斯卡就是曾杀死自己父母的犯人。第23集战场的少女为了捕捉人造人，爱德和艾尔把伤心的云尼交托给军队，然后再次与斯卡战斗。后来爱德等人和共同进退的莱．马斯丹及福艾赶到现场。那时候，背著兰芳的姚林为逃走而与布拉多莱展开激烈的战斗。不过，虽然他逃过了眼前的危机，但由於布拉多莱的命令桂杜尼采取行动，后来把姚林追赶至无路可逃。兰芳觉得自己会成为姚林的拖累，她居然拿起刀向自己刺去……24集腹之中被捕捉的马尔哥就在人造人的大本营里。他推测人造人的目的，是要构筑一个会令亚美斯特利斯所有国民都受到牵连的「国土鍊成阵」。另一方面，虽然爱德和艾尔企图制止失控的桂杜尼，但面对著可以把眼前任何东西「吞噬」的他，实在束手无策。而且在这场战斗当中，姚林还察觉到一些不寻常的气息。第25集黑暗之门爱德被桂杜尼吞噬了。当他醒觉的时候，他已身处於一个不可思议的空间，那里只有无止境的血海和黑暗。虽然他后来总算与姚林相遇，但始终找不到逃脱的方法。不久，他们遇上一起被吞噬的安比。安比对爱德等人说，这里是桂杜尼的肚里，他是「父亲大人」制造的真理之门的失败作，一旦入了来就没可能离开这里。第26集再会为了去见「父亲大人」艾尔和小梅与桂杜尼一起前往人造人的大本营。途中，正在寻找小梅的张梅和斯卡也从后追来潜入地下。另一方面，在桂杜尼的肚里露出真面目的安比，原本是与爱德和姚林战斗，但当爱德看见构成安比的身体的各个人的样子后，在攻击时显得很犹豫，於是被打倒了。这样下去的话，爱德就会被吞噬。不过在中途，爱德在蒙胧的意识下想起克塞尔克塞斯遗迹的鍊成阵，后来他想出从桂杜尼的肚子里逃出来的方法……第27集夹缝的宴会贺恩汉在凝望著某个村庄的祭典。这时有一位年青的少女拿著酒接近他。她的名字叫皮纳高．诺贝尔。皮纳高和贺恩汉一边喝酒，一边谈论这个国家应走的路和爱德等人的旅途。在祭典的中途，有一位少女在贺恩汉面前出现。后来还有一名样貌与贺恩汉一模一样的男人出现。他将会