房地产经纪机构的不规范操作和二手房交易双方的法律风险意识淡薄是二手房买卖合同纠纷案件发生的主要原因。
1、委托合同签订不规范房地产经纪机构应当与二手房买卖交易双方分别签订委托合同，不过在实践中，房地产经纪机构往往与二手房买卖双方一同签订一份合同，多称为二手房买卖委托合同或房地产买卖契约补充协议，将二手房买卖合同与二手房买卖委托合同的内容混在一起，内容约定多含糊不清。
2、逃避居间义务
（1）房地产经纪机构在深圳市房产交易市场办理产权证时不在《深圳市房地产买卖契约》(现变更为《深圳市存量房买卖合同》)上签字盖章，不如实将双方的权利义务反映在合同上，逃避居间义务。
（2）这样一旦发生纠纷，买卖双方经常会就二手房买卖合同是否成立以及如何履行发生争议。
3、二手房买卖合同的内容不完整
（1）二手房买卖合同应当包括当事人的名称或姓名住所、标的、价款、履行期限、地点、方式、违约责任和解决争议的方式、合同生效、中止、终止或解除条款、合同的变更与转让和附件等8项内容。
（2）二手房买卖合同中应明确二手房的位置、产权归属、面积、结构、格局、装修、质量及附属设施等;二手房的物业管理费用及其他交费问题和二手房相关文书资料的移交。
（3）价款是合同中最重要的条款，合同中应主要写明总价款、付款方式、付款条件、如何申请按揭贷款、定金、尾款等。
（4）双方还要明确按国家规定缴交各自应当缴交的税费和杂费;假如双方另有约定，则应当在合同中明确这一约定。
（5）合同中应写明合同签订的期限、支付价款的期限、交付二手房的期限等。交房时间、条件、办理相关手续的过程亦应在合同中明确写明。
（6）支付价款的方式，应明确以现金还是支票支付，付款是一次付清或分期交付以及缴纳定金的时间、数额、分期付款的步骤、时间和数额等。
4、二手房买卖合同补充协议的效力不确定
（1）在二手房买卖过程中，经常发生合同签订后一方反悔不愿买房或者购房的情形。
（2）买卖双方常常对是否解约不签订书面的协议。这样一旦发生纠纷，买卖双方是否解约以及哪一方存在过错较难认定。
（3）二手房中介人员的证言就起到较大的决定性作用，不过二手房中介人员很难保持中立的状态，并且是否愿意作证也存在疑问。
（4）二手房买卖双方应当在二手房买卖合同中对补充协议的效力作出限制，明确约定只有签订书面的补充协议，才具有法律效力，从而减少争议的发生。