商住两用房缺点有：
一、商住两用房通常不能落户商住两用房通常无法迁入户口，这意味着即使周边区域内有较好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。这无形中造成了业主生活、学习上的不便。
二、“商住两用”房生活成本高商住两用房的水、电和物业费用的都是商用标准，远高于住宅项目，各种税费等也要高于普通住宅。也就是表示购房者要承受较高的生活成本。
三、商住两用房安全问题也值得担忧商住两用房将商和住混杂在一起，名为既可“商”也可“住”，实则给双方都带来了很多麻烦。在某业主论坛上，许多业主发的帖子反映商户严重扰民，有的反映商户晚上营业时间结束太晚等。
四、商住两用房产权短商住两用房的产权通常只有40年或50年，依照《物权法》相关规定：住宅建设用地使用权期满后，自动续期。而“非住宅建设用地土地使用权”，不能自动续期。相对于普通住宅，商住两用房的隐性成本其实很高。
五、商住两用房税费高，出手成本高“商住两用”项目现在还无法按照住宅的标准缴纳契税，这样的房子在转手的过程中，相关费用按照商用来计算，其转让契税为4%，而普通住宅转让契税为2%(不超过144平方米)。同一个时间段里，商用转让还要征收营业税、土地增值税等。以投资角度看，投资人出手将承担巨大的出售成本，而这些也使买方选取难度加大。
六、商住两用房贷款受限商住两用房不限购，也不受房贷限制，不过这种房子不能享受普通商品住宅的税费优惠。贷款期限通常不超过10年，首付高一些，50%上下，远高于首套普通住宅的30%，贷款利率为普通住宅的1.1倍，且不能申请公积金贷款。