清洁太阳能热水器水垢的方法是，放掉水箱里的水，双手握住真空管来回旋转，使其松动，然后往水箱上推动，使其底部能够从底座出来，然后往下拽，这样就可以取出真空管，把真空管里的水倒掉，然后用清洁的水反复涮干净，这样依次将全部的真空管清洁干净后，往水箱里加自来水，使水箱里的水垢流出，再逐个将真空管安装好就可以了，安装时应检查水箱安装孔处的密封圈是否完好，如果有破损的情况，应更换新的密封圈。

清洗太阳能，把太阳能能电源，上水阀门关闭，上楼，把太阳能管子拔下来几根（上面洒一些加少量洗涤剂的水，润滑用），小心别烫到，把水放空，把管子都拔下来，打开上水阀门，冲洗水箱，准备细长毛刷一个，清洗管子，用醋精或白醋对水做清洁剂（1比2的比例），千万别用洗涤剂之类的，都是泡泡 

具体方法是：1、在水箱里的水全部放完时，分别把每支真空管用双手握住来回转动，使真空管与水箱上的密封圈松动，然后往水箱里推；
2、当真空管底部能够从固定底座上取出时，再把真空管从水箱里往外拉出；3、把取出的真空管里的水倒掉，水垢就倒出来了，水垢都是在真空管与水混合的，不会像保温瓶水胆那样粘贴在真空管的四周，然后再往真空管里加一些干净的水，涮干净，这样反复几次真空管就清洁干净了，逐个把每支真空管都清洁干净，逐个查看水箱每个真空管安装孔上的密封圈是否完好，如果有破损的，应更换新的密封圈，以防止水箱里的水从真空管密封圈处渗漏；
4、然后往水箱里上水，当水从水箱安装真空管的孔处流出后，此时再逐个把真空管安装到水箱上，清洁水垢的工作就算完成了。
5、清洁太阳能热水器水箱里的水垢应定期进行，一般要根据当地的水质情况而定，不需要频繁清洁。
6、平时使用太阳能热水器时应注意，水箱里的水温在低于75度时，就不容易产生水垢，所以夏天或春秋季时，要根据天气情况加水，如果太阳好，水箱内的水应随用随加，这样水温就会随着加注自来水而下降，避免水垢的产生。